La inquisició
La Inquisició era un tribunal eclesiàstic encarregat de vetllar per la puresa de la fe i reprimir les heretgies. A la Corona d'Aragó es va institucionalitzar al segle XIII una Inquisició, sota control papal, per reprimir els progressos de les heretgies valdesa i càtara. Tanmateix, aquest tribunal va esdevenir pràcticament inoperant des de la fi del segle XIV.
El 1478, els Reis Catòlics van obtenir del papa Sixt IV una butlla que els va permetre organitzar el tribunal del Sant Ofici, o Inquisició, a la Corona de Castella. La Inquisició castellana, sota control directe dels reis, va adreçar les seves actuacions contra els cristians nous (jueus conversos), que eren acusats de judaïtzar, és a dir, de mantenir en privat el culte de la religió hebraica. Des dels seus inicis, el nou tribunal es va caracteritzar pels seus mètodes contundents i poc respectuosos amb les garanties processals: mantenia en secret els noms dels delators, no es comunicava als detinguts els càrrecs pels quals eren processats, es recorria de manera habitual a la tortura, els béns dels condemnats eren confiscats pel tribunal, les sentències s'executaven en grans actes públics (actes de fe), els "reconciliats" (o penedits) eren objecte d'un tracte degradant que suposava de fet la seva mort civil, etc. Fins al 1498, més de 3.000 persones van ser condemnades a mort.
El 1483, Ferran II va decidir estendre la Inquisició castellana als regnes de la Corona d'Aragó. Aquest fet va provocar una important resistència per part de les institucions catalanes, que temien que el nou tribunal esdevindria una eina al servei de l'autoritarisme monàrquic i que, a més, veien amb preocupació l'afebliment del col·lectiu convers, en un context de crisi econòmica. Cal tenir en compte que, al Principat, jueus i conversos eren col·lectius poc nombrosos, i que aquests darrers es trobaven en una fase molt avançada d'assimilació cultural. Tanmateix, el monarca va aconseguir imposar-se, i el 1487, els inquisidors castellans van entrar a Barcelona. Entre aquesta data i el 1505, el tribunal de Barcelona va processar més de mil persones, més de la meitat de les quals ja s'havien exiliat en els anys anteriors; només vint-i-cinc van ser absoltes. L'oposició de les institucions al nou tribunal es va prolongar, però, en els segles següents.
Ja a la segona meitat del segle XVI, en el context de la Contrareforma, Felip II va reorientar la Inquisició, que va esdevenir una eina poderosíssima contra el protestantisme, i, més en general, contra qualsevol dissidència religiosa o fins i tot política. Es va imposar la censura prèvia de llibres, es van multiplicar els processos judicials (fins i tot contra autoritats de l'Església com l'arquebisbe de Toledo, Bartolomé de Carranza), es va utilitzar la Inquisició en els enfrontaments entre la monarquia i les institucions forals ¿detenció dels diputats de la Generalitat (1569), revolta d'Aragó (1591), etc. L'ofensiva inquisitorial va ser acompanyada per altres mesures, com la prohibició d'estudiar a l'estranger. Tot plegat va suposar el tancament dels regnes hispànics en un moment de forta efervescència ideològica i cultural a Europa (Revolució Científica).
Ja al segle XVIII, la Inquisició va actuar contra l'extensió de les noves idees il·lustrades i liberals. Durant la Guerra del Francès, el tribunal va ser abolit per les Corts de Cadis. El 1820, durant el Trienni Liberal, la Inquisició va ser novament abolida i la seu de Barcelona va ser saquejada. La mesura va ser confirmada definitivament el 1834.